※2022年101巻現在。作者により伏線と明言されている場合は★と付記。
勿論『名探偵コナン』は難解な漫画なので、以下に挙げられているもの以外にも作者の構想内に存在している可能性がある。

○メイン
・組織の目的 　・組織の正式名称 　・組織が半世紀前から進めている極秘プロジェクト 　・あの方（＝烏丸蓮耶）の現状
・あの方とベルモットの関係 　 ★・灰原とジンの関係 　 ・ベルモットが組織を潰す目途　
○10巻台
・灰原の指摘「コナンは既に組織に深く関わってしまっている」の真意（19巻）
○20巻台
・灰原発言「時の流れに人は逆らえない。逆らおうとすると人は罰をうける」の「罰」の意味（20巻）
・コナン発言「なあ…お前ひょっとして組織にいた頃…」の続き（24巻）
・（灰原脱走後の組織編の初期において）灰原の行動が組織に読まれ過ぎていた理由(24巻)
★・博士邸にあった焼け焦げたMO(25巻)
・灰原は薬のデータのMOを持っていると思われるのに「薬のデータが無い」とコナンに言う理由 （25巻）
★・人魚島の「宮野志保」「魚塚三郎」「黒澤陣」(28巻)
○30巻台
・女王のような喋り方をする高飛車な女(ベルモット説有力)と猫(37、39巻)
・板倉が開発中だったソフト(37巻)
・灰原発言「組織の薬は殆どの人間にはその価値を見出せない愚かしい代物」(38巻)
○40巻台
・灰原の両親が20年前出島デザイン事務所を訪れた理由
・ベルモットが歳を取らないとされているが、その理由
・ベルモットが幼児化を隠す理由
・ベルモットが宮野夫妻を強く恨んでいる理由
・ベルモットが長い間待ち望んでいた銀の弾丸
・ベルモットが帝丹小で灰原を見つけられなかった理由(45巻)
・「倉吉」に対する灰原の反応 (45巻)
○50巻台
・宮野明美が赤井に送ったメールのP.S.の続き(58巻)
・ジンがなぜそこまでと疑問に思う程、あの方が赤井を恐れている理由
・外部に公表されていないはずの外国人タレントプロダクション社長殺人事件をジンが知っていた理由(58巻)
○60巻台
・蘭が服部のお守りに工藤新一の指紋がついていたことに疑問を抱いたこと(66巻)
・ジョディに「逃げろ！このエリアは危険だ！」と記されたコースターを残した人物とその目的（67巻）
○70巻台
・「探偵たちの夜想曲」ラストシーンの3人それぞれの通話の相手(76巻)
・ベルモットが板倉に発注したソフトの中身（=板倉が組織の脅迫により作らされていたソフトと同一か、それとも否か）（78巻）
・シャロンと板倉が犬猿の仲だった理由（78巻）
・灰原の両親が作っていた薬「銀の弾丸」（78巻）
・灰原の両親が薬の完成のために灰原と別れなければならなかった理由（78巻）

○80巻台
・赤井、世良、宮野、羽田家の家系図
・バーボンとベルモットの契約の中身
・真純の一連の発言(「やっぱ僕悪い子だな」など)
・作者の「今現在組織の内部ではかなり大変なことが起きている」発言の意味
・（安室の回想シーンの後）エレーナはどこへ行ったのか（84巻）
・コナンへの安室の発言「大きな誤解をしているようだ。」の真意（84巻）
・羽田浩司はどのような接点を以て組織と関わっているのか
・組織員が知ったら驚くベルモットの秘密 (85巻)
(安室「組織が知ったら驚くでしょうね…あなたがボスの…」)
・浅香の正体
・黒田管理官と組織についての関係 (86巻)
・投与者リストは殺害順ではないこと
・灰原が焼け残った資料を元にAPTX4869を復元したこと
・灰原の作っていた薬は (APTX4869とは) 別の薬なこと
〇90巻台
・羽田浩司事件の真相（アナグラム等）
・作者発言「＊でいるとされているのに実は生きているキャラがいる」
・羽田浩司の事件の情報をネットにアップ、削除しているのは誰か
・メアリーとジンの言い回し（「暗がりに鬼を繋ぐが如く…」）が同じ理由
・若狭の正体
・赤井務武の生死
・黒田と若狭の関係、キャンプ場で睨みあっていた理由
・若狭が持っている将棋の駒（角行）の意味
・なぜ若狭が投与者リストを持っているのか
・工藤邸での赤井、安室、優作、有希子のお茶会の内容
・黒田が安室のコードネームを知っている訳
・黒田が大和に電話した内容
・務武が一家を第三国ではなく日本に避難させた理由
・秀一はメアリーがＭＩ６だと知っているか
・羽田家と大岡家の関わり
・伊織が大岡家執事になった経緯
・若狭と安室の関係、安室が若狭を隠し撮りしていた理由
・脇田がコナンに角の駒について聞いた意図

※あの方の正体が判明した直後の作者へのインタビュー記事。

100巻　ラムの正体判明
○100巻台
・ジンの「大事の前」
・ラムのふざけた名前
・お茶会の返事とは（コナンも知らなかった）
・黒田の京都にあった用事
・大岡家の家系図、大岡コンツェルンのご隠居と黒田の関係
・伊織(榊原)の潜入先と過去の失敗
・呼吸器をつけた老人とその運転手の正体
・妃英理が過去に会ってる世良に対し初対面のような反応を見せた理由（ピアスがないのは作画ミス？意図的？）
・メアリー「あの人に累が及ぶ」のあの人とは誰か
・呼吸器老人がメアリーを見て「夢を見ているよう」と言った真意

SDB100+作者の回答より一部抜粋
・これまで読者に指摘されていない伏線がある
・ラムとRUMの表記揺れに意図はなく同一人物
・黒田の結婚の有無
・ベルモットはコナンが関わった事件を訳があってファイリングしている
・灰原は安室が公安だと聞かされていない
・優作のインターポールの友人は伏線ではなく単に忘れてた設定

※基本的にスーパーコレクションの年表からの抜粋ですが、一部スレ住人による追記有り。

５０年前　黒ずくめの組織、極秘プロジェクト始動
　　　　　ジンの愛車・ポルシェ３５６Ａ生産開始
４０年前　烏丸蓮耶が館で惨殺劇
３０年前　宮野厚司が出島壮平に家を貸し、白鳩製薬の研究施設に加入
　　　　　イーサン・本堂がＣＩＡに入る
２７年前　イーサン・本堂が結婚、日本で潜伏
　　　　　宮野夫妻が発明品の発表会に出る
２５年前　白鳩製薬倒産
　　　　　宮野夫妻町医者を開業
　　　　　宮野明美誕生
２０年前　ジョディの両親が殺害される
　　　　　有希子とシャロンが盗一に変装術を習う
　　　　　シャロンが舞台ゴールデンアップルで脚光を浴びる
１９年前　安室とエレーナの別れ
　　　　　宮野夫妻が出島デザイン事務所を訪れる（２０年ぐらい前）
１８年前　宮野志保誕生
１７～１８年前　宮野夫妻が研究中の事故死
　　　　　　　　初代怪盗キッド（黒羽盗一）出現
１７年前　羽田浩司、殺害される
　　　　　有希子＆優作結婚　小五郎＆英理結婚
　　　　　工藤新一誕生　毛利蘭誕生
　　　　　灰原がアメリカへ留学
１４年前　秀吉が中学生プロ棋士としてイベントに参加
１３年前　新一と蘭の出会い
１０年前　秀吉の性が羽田に変わる
　　　　　秀吉と由美の出会い
　　　　　新一＆蘭、赤井ファミリーに出会う
８年前　怪盗キッド（黒羽盗一）が消息を絶つ
７年前　萩原研二が殉職
５年前　赤井秀一が組織へ潜入
４年前　キールが組織に潜入
　　　　イーサン・本堂が死亡
　　　　世良が駅のホームで赤井を見かける
　　　　コンピューターウイルス闇の男爵が猛威を振るう　
３年前　板倉卓が目を悪くしてＣＧから手を引く
　　　　世良真純が海外へ
　　　　松田陣平が殉職
この間　諸伏景光（スコッチ）がＮＯＣだと判明し、自決
２年前　キャメルの失態で赤井秀一が組織から離脱、ラムに目撃される
１年前　工藤新一ＮＹの事件
　　　　シャロンの葬儀
　　　　高飛車な女が板倉卓と電話
　　　　伊達航が交通事故で殉職
少し前　新一と蘭、米花水族館へ
現在　工藤新一が幼児化
半年後(数か月前)　ベルモット、メアリーを幼児化させる、世良と再び来日

名探偵コナン　102巻
2022年冬頃発売予定

1081 遺志を継ぐ者
1082 ライン上の殺人
1083 境目の思い出
1084 ミッちゃんのお家
1085 １５の受難
1086 １８の想起
1087 バカ共
1088 甘い罠
1089 半開きの扉
1090 扉の先の真実
1091 コラボ

名探偵コナン　103巻

1092 新しい刺激
1093 映え
1094 偶然の出会い
1095 3つの暗号
1096 四角の秘密
1097
1098
1099
1100
1101
1102

まあ、私が本当に作らされていたのは……
別の薬なんだけどね……

暗がりに鬼を繋ぐが如く……
江戸川コナンに気を許すな……

覚悟はできているか？
此の世を離れる……覚悟だよ……